Fils du peintre Noël Hallé , directeur de l'École de Rome , il devient docteur en médecine en 1770 . Il est successivement professeur de physique médicale et d'hygiène à l'École de santé , professeur au Collège de France en 1794 , professeur à la faculté de médecine , médecin ordinaire de Napoléon, puis premier médecin de Charles X après la Restauration . Il est membre de l'Académie nationale de médecine . En 1795 , il est élu membre de l’Académie des sciences , dont il est président en 1813 .
C'est Hallé qui a créé en France l'enseignement de l'hygiène. Il est l'un des éditeurs du Code des médicaments, ou Pharmacopée française , paru en 1813, et l'un des collaborateurs au Dictionnaire des Sciences médicales . Il étudie les effets du camphre , le cancer du sein , et il est l’un des promoteurs de la vaccination. Il est l'auteur avec Étienne Tourtelle d'un traité d'Hygiène , paru en 1837. C’est lui qui défend Antoine Lavoisier à son procès devant la Convention nationale .
Jean Noël Hallé est également l'éditeur des Œuvres complètes de Samuel Auguste Tissot , parues en onze volumes entre 1809 et 1813. Il a par ailleurs publié, en 1785, des Recherches sur la nature et les effets du méphitisme des fosses d'aisance .
Il est inhumé au cimetière du Père-Lachaise (10e division)1 .